초등과정은 영역별로 오전과 오후로 구분해 각 거점학교에서 진행하며, 중등과정은 오후 3시 부산진구 학생교육문화회관 대강당에서 입학식을 진행한다. 초등과정 입학생 192명, 재학생 125명 등 총 317명과 중등과정 입학생 150명, 재학생 56명 등 모두 206명의 학생이 참여한다.

초등과정은 수학·과학·정보·창작·발명 등 5개 영역 20개 학급을, 중등과정은 수학·과학·발명 등 3개 영역 15개 학급을 운영한다. 영재교육대상자는 소속 학교장의 추천과 영재성 검사, 창의적 문제 해결력 검사 등 단계별 전형을 통해 공정하고 엄정하게 선발했다.

학생들은 체계적인 교육과정을 바탕으로 교과 심화 연구, 창의적 산출물 제작과 발표, 성과 공유 활동, 전문가 특강, 진로 탐색 프로그램 등 다양한 경험을 통해 미래 사회를 주도할 역량을 기르게 된다.

류광해 원장은 “지역과 여건에 따른 교육 격차를 완화하는 동시에, 재능 있는 학생들에게는 한층 더 높은 수준의 배움 기회를 제공하는 것이 공교육의 중요한 책무”라며, “동래영재교육원이 수월성 교육을 내실 있게 보완하여 학생 각자의 잠재력이 최대한 성장할 수 있는 기반이 되기를 기대한다”라고 밝혔다.